Embrio STAI Al Husain telah ada sejak 17 Juli 2002 yang berupa SK Pengasuh Pondok Pesantren Al Husain Magelang dengan nomor 087/YASAIN/VII/2002. Dalam SK tersebut disebutkan bahwa STAI Al Husain mulai beroperasi pada tahun akademik 2003. Setelah adanya SK tersebut kemudian STAI Al Husain mendapatkan legalitas dari pemerintah Indonesia berupa Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/244/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis Jurusan Ushuludin Program Sarjana (S1) STAI Al Husain yang dikeluarkan pada tanggal 23 Juli 2003.